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Text File  |  1995-03-04  |  2.1 KB  |  48 lines
  1. *************************
  2. * mutT domain signature *
  3. *************************
  4.  
  5. The bacterial  mutT  protein  is involved in the GO system [1] responsible for
  6. removing an   oxidatively   damaged   form  of  guanine  (8-hydroxyguanine  or
  7. 7,8-dihydro-8-oxoguanine) from  DNA  and  the  nucleotide  pool. 8-oxo-dGTP is
  8. inserted opposite  to  dA  and  dC  residues of template DNA with almost equal
  9. efficiency thus  leading  to  A.T  to  G.C  transversions.  MutT  specifically
  10. degrades 8-oxo-dGTP  to  the  monophosphate  with  the  concomitant release of
  11. pyrophosphate. MutT is a small protein of about 12 to 15 Kd.
  12.  
  13. It has  been shown [2] that a region of about 40 amino acid residues, which is
  14. found in  the N-terminal part of mutT, can also be found in a variety of other
  15. prokaryotic, viral, and eukaryotic proteins. These proteins are:
  16.  
  17.  - A mutT homolog from plasmid pSAM2 of Streptomyces ambofaciens.
  18.  - Bartonella bacilliformis invasion protein A (gene invA).
  19.  - Escherichia coli hypothetical protein yebD.
  20.  - Escherichia coli hypothetical protein yjaD.
  21.  - Protein D250 from African swine fever viruses.
  22.  - Proteins D9 and D10 from a variety of poxviruses.
  23.  - Human 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase [3].
  24.  - A  protein  encoded  on  the  antisense  RNA of the basic fibroblast growth
  25.    factor gene in higher vertebrates.
  26.  
  27. It is  proposed  [2] that the conserved domain could be involved in the active
  28. center of a family of pyrophosphate-releasing NTPases.  As a signature pattern
  29. we selected the  core  region  of  the  domain;  it  contains  four  conserved
  30. glutamate residues.
  31.  
  32. -Consensus pattern: G-x(5)-E-x(4)-[STAGC]-[LIVMA]-x-R-E-[LIVMF]-x-E-E
  33. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  34. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  35.  
  36. -Expert(s) to contact by email: Koonin E.V.
  37.                                 koonin@ncbi.nlm.nih.gov
  38.  
  39. -Last update: June 1994 / Text revised.
  40.  
  41. [ 1] Michaels M.L., Miller J.H.
  42.      J. Bacteriol. 174:6321-6325(1992).
  43. [ 2] Koonin E.V.
  44.      Nucleic Acids Res. 21:4847-4847(1993).
  45. [ 3] Sakumi K., Furuichi M., Tsuzuki T., Kakuma T., Kawabata S., Maki H.,
  46.      Sekiguchi M.
  47.      J. Biol. Chem. 268:23524-23530(1993).
  48.